Когда в 1948 году в разделенный на четыре сектора город пришла холодная война, ворота стали символом и местом действия конфликта Востока и Запада. Будучи расположены на территории Восточного Берлина, ворота служили демаркационной линией между советским и британским секторами.

В 1957 году правительство части города, относящейся к ГДР, решило заново отлить разрушенную во время войны квадригу, и в силу обстоятельств ему пришлось сотрудничать с сенатом Западного Берлина, которому принадлежали литейные формы.

Болезненные воспоминания связаны с событиями 13 августа 1961 года, когда в час ночи вступил в силу приказ о закрытии границы с Западным Берлином, подписанный руководителем СЕПГ Ульбрихтом. Первыми были заблокированы Бранденбургские ворота. Как символ разделенной столицы разделенной страны, они целых 28 лет своей истории в кладбищенской тишине нависали над государственной границей ГДР.

Насильственное разделение мирно окончилось 9 ноября 1989 года на том же месте, где и началось. Едва разнеслась новость об открытии стены, как площадь перед Бранденбургскими воротами уже кишела людьми. В месте, где стена была толще всего, берлинцы из обеих частей города взобрались на четырехметровое бетонное заграждение и там отмечали это событие.

С 2002 года после капитальной реставрации судьбоносные ворота вновь блистают в своей полной красе. Долгое время не удавалось сойтись во мнениях, нужно ли снова открывать символ города для транспортного движения и как это сделать. Сейчас ворота закрыты для автотранспорта и доступны только для пешеходов и велосипедистов.

Между Рейхстагом и Бранденбургскими воротами, у Симсонвега (Simsonweg). в ближайшие годы должен появиться Памятник цыганам (Mahnmal für die Sinti und Roma), которых преследовали и убивали в годы нацизма.